Das Ministerium für Gesundheitswesen (MfG), das seinen Sitz in der Rathausstraße 3 in Ost-Berlin hat, geht mit einer leicht veränderten Aufgabenstellung aus dem früheren Ministerium für Gesundheits- und Sozialwesen hervor. Die Hauptstruktur des Ministeriums besteht aus vier Abteilungen:
I – Generelle Planung, zentrale Verwaltung
II – Rechtsfragen, Internationale Beziehungen
III – Gesundheitswesen
IV – Medizinische Forschung und Bildung
Einige Aufgaben werden aus dem MfG ausgegliedert und dem neu gebildeten Ministerium für Familie und Frauen zugeordnet. Dazu gehören beispielsweise die Zuständigkeit für die Kleinkindbetreuung (Krippen), die Familienplanung und den Schwangerschaftsabbruch sowie die Betreuung älterer Menschen, sofern es sich dabei nicht um Heime oder medizinische Betreuungsaufgaben handelt.
Es gibt Mitarbeiter, die aufgrund ihrer politischen Belastung freiwillig aus dem Ministerium ausscheiden. Der bisherige stellvertretende Gesundheitsminister, Obermedizinalrat Dr. Horst Schönfelder, verbleibt aufgrund seiner fachlichen Kompetenz als Staatssekretär im Ministerium. Zum Parlamentarischen Staatssekretär wird der Zahnarzt Dr. Thomas Schmidt ernannt.
Ab Juni 1990 werden außerdem Mitarbeiter aus dem Bundesministerium für Arbeit und Sozialordnung ins MfG entsandt, deren Aufgabe es ist, bei der Ausarbeitung von Gesetzesentwürfen über die Angleichung des Gesundheitswesens der DDR an dasjenige der Bundesrepublik mitzuhelfen.
Die dem Ministerium für Gesundheitswesen nachgeordneten 38 Einrichtungen stehen aufgrund der Regelungen im Einigungsvertrag nach dem 3. Oktober 1990 vor einer ungewissen Zukunft. Für ihre Abwicklung oder Fortführung ist dann das Bundesministerium für Jugend, Familie, Frauen und Gesundheit zuständig. Zu den betroffenen Einrichtungen zählen z.B. die Zentralstelle für Ärztliche Begutachtung, die Akademie für Ärztliche Fortbildung der DDR und das Deutsche Hygienemuseum in Dresden. Schon ab Mai 1990 werden Zukunftsperspektiven für diese Institute entwickelt, wobei zu entscheiden ist, welche Einrichtungen oder Teile von Einrichtungen in die Zuständigkeit des Bundes bzw. der neuen Länder gehören, welche aufgelöst, welche privatisiert bzw. in andere Trägerschaften überführt oder in die neu zu bildenden Gesundheitsämter eingegliedert werden sollen. Der notwendige Personalabbau erfolgt über Vorruhestandsregelungen, Umsetzungen und fristgemäße Kündigungen, wobei im letzten Falle in der Regel Abfindungen gezahlt werden. Ende September 1990 verfügen die über 30 Einrichtungen noch über einen Gesamtpersonalbestand von 8.690 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern. Davon finden 980 beim Bund, 5.941 bei den Ländern und Kommunen sowie 197 Personen in privaten Einrichtungen neue Arbeitsplätze. Für 1.572 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter ist am 3. Oktober 1990 die Zukunft noch unklar.